Янис (Иоанн) Поммер родился 6 (19) января 1876 года на хуторе Илзессала Праулиенской волости в семье православного крестьянина-латыша. Его родители были простые набожные и благочестивые христиане. Святое православие вошло в жизнь семьи Поммеров еще при прадеде, несмотря на сильное сопротивление и жестокое преследование со стороны немецких землевладельцев. Каждый день и каждый период работ в этой семье начинали с молитвы. Вся семья собиралась вместе, отец читал главу из Нового Завета, дети пели и читали молитвы. И вообще, в этой семье любили петь церковные песнопения. Времена года считались не по месяцам, а по церковным праздникам. Постоянно помогая родителям в крестьянском труде, отрок Иоанн рос крепким, физически выносливым. Вместе с тем он отличался вдумчивостью, тягой к познанию Слова Божия и был мечтательной натурой. Учился он прилежно и вел себя примерно.